Βάζουμε τις φέτες μελιτζάνας σε 2 ταψιά και αλατίζουμε ελαφρά και από τις δύο πλευρές. Αφήνουμε για 1 ώρα και στη συνέχεια τις στεγνώνουμε και σκουπίζουμε το αλάτι με χαρτί κουζίνας.
Σε ένα μεγάλο τηγάνι ζεσταίνουμε 1 1/2 κ.σ. ελαιόλαδο σε μέτρια φωτιά.
Ρίχνουμε το κρεμμύδι και το σκόρδο και σοτάρουμε για 10 λεπτά, μέχρι να ροδίσουν. Προσθέτουμε την ντομάτα με τους χυμούς της και το θυμάρι και βράζουμε.
Χαμηλώνουμε τη φωτιά και σιγομαγειρεύουμε, σπάζοντας την ντομάτα με ένα κουτάλι, για 20 λεπτά μέχρι να μειωθεί μείγμα σε 2 1/2 φλ.
Αλατοπιπερώνουμε τη σάλτσα και αφαιρούμε τα κλωνάρια θυμάρι.
Προθερμαίνουμε το φούρνο στους 175C.
Βάζουμε ελαιόλαδο σε 2 μεγάλα τηγάνια και ζεσταίνουμε σε μέτρια προς υψηλή φωτιά.
Ρίχνουμε τις μελιτζάνες λίγες-λίγες στα 2 τηγάνια και τηγανίζουμε για 5 λεπτά από κάθε πλευρά, μέχρι να ροδίσουν. Προσθέτουμε επιπλέον ελαιόλαδο, εάν χρειάζεται.
Μεταφέρουμε τις μελιτζάνες σε χαρτί κουζίνας.
Πάλι δουλεύοντας σε μερίδες, ρίχνουμε τις πατάτες στα 2 τηγάνια και μαγειρεύουμε για 3 λεπτά από κάθε πλευρά, μέχρι να ροδίσουν.
Μεταφέρουμε τις πατάτες σε χαρτί κουζίνας.
Ρίχνουμε τις πιπεριές στο ίδιο τηγάνι και σοτάρουμε για 5 λεπτά, μέχρι να μαλακώσουν σχεδόν.
Μεταφέρουμε τις πιπεριές σε χαρτί κουζίνας.
Σε ένα πυρέξ απλώνουμε τις μισές μελιτζάνες, πασπαλίζουμε με 1 κ.σ. θυμάρι και περιχύνουμε με 1/2 φλ σάλτσα.
Απλώνουμε μετά τις μισές πατάτες, αλατοπιπερώνουμε, πασπαλίζουμε με 1 κ.σ. θυμάρι και περιχύνουμε 1/2 φλ σάλτσα.
Απλώνουμε όλες τις πιπεριές, αλατοπιπερώνουμε, πασπαλίζουμε με 1 κ.σ. θυμάρι και περιχύνουμε 1/2 φλ σάλτσα.
Επαναλαμβάνουμε τη διαδικασία με τις υπόλοιπες μελιτζάνες και πατάτες.
Ψήνουμε για 40 λεπτά, χωρίς να καλύψουμε, μέχρι να μαλακώσουν τα λαχανικά,.
Αφαιρούμε το πυρέξ από το φούρνο και αφήνουμε για 15 λεπτά, πριν σερβίρουμε
